指揮官ユニットの戦闘修正値 はダイス目の修正なのでしょうか、それともコラムシフトのほうでしょうか？

これは ダイスの出目を修正するボーナス値 です。
戦闘修正表 等々に記載されていないので分かり難いのですが、ルール本文の第１章に説明があります。 ご確認ください。

ソ連軍の軍集団指揮官を ジューコフとヴァシレフスキーの司令部にスタックさせても無意味 であり、さらに、ソ連軍 の指揮官は自分とスタックしている方面軍司令部以外の方面軍司令部に特典を与えることはできない、と解釈してよろしいのでしょうか？
なぜなら、ルール本文 13.1項 −軍集団指揮官 には、

『軍集団指揮官自身の兵力投入能力値は、彼と共にスタックしている司令部 ( これは全ての 司令部を指しているのか、軍集団司令部のみを指すのか曖昧 ) 、または その指揮範囲のすべての軍司令部 の兵力投入値を向上させる』

とあります。しかし、この項目の一番最後には、

『軍集団指揮官が軍集団司令部にスタックしていると、指揮範囲内のすべての軍司令部にボーナスを提供できる。ただし枢軸軍のみ』

と書かれています。

ジューコフとヴァシレフスキーの司令部には兵力投入能力値が無く、しかも指揮範囲内に存在する全ての軍司令部にボーナスを提供できるのは枢軸軍だけです。したがって、ソ連軍の軍集団指揮官をジューコフとヴァシレフスキーにスタックさせることは無意味になります。

次に、この項目内での 「彼 （軍集団指揮官） と共にスタックしている司令部 」　というのは、つまり、枢軸軍の 軍集団司令部 と 軍司令部、それにソ連軍の 方面軍司令部 を指すことになります。ですから、両陣営の軍集団指揮官は、自身とスタックしている軍および方面軍司令部の兵力投入能力値を向上させます。（ 軍集団司令部には兵力投入能力値が無い ）
指揮範囲内に存在する他の司令部については、『その指揮範囲内のすべての軍司令部の兵力投入能力値を向上させる』　という一文から、能力値を向上させる対象は枢軸軍の軍司令部だけという解釈が成り立ちます。が、これは少し深読みし過ぎかもしれません。ゆえに、ソ連軍の指揮官も、自分とスタックしている方面軍司令部以外の方面軍司令部に特典を与えることができる、と単純に考えても良いと思います。

この疑問点をデザイナーの BORG氏に問い合わせたところ、
『 ソ連軍の軍集団指揮官は、自身とスタックしている （一つの） 方面軍司令部に対してボーナスを提供することができる。』
という回答を得ました。

ちなみに、ドイツ軍の軍集団指揮官は後半戦に登場するマンシュタイン元帥 唯一人であり、その高い能力値から考えると、通常は軍集団司令部 （ 大抵は Don軍集団 ） とのスタックから分離させることはできないはずです。止むを得ない場合のみ、他の軍司令部とスタックさせることになるでしょう。

【※ この問答は 日本語翻訳ルール ver.1.02 （2005年11月3日改訂） で修正された箇所の詳細説明を兼ねています。】

ルール本文 ［ 第８章 - 活性化 ］の後半に記述されている ジューコフとヴァシレフスキー についてです。

『近隣の２個 （３個）方面軍司令部を連携させることができる』

と書かれていますが、“近隣” と は何を基準に述べているのでしょうか ?　
ジューコフとヴァシレフスキーから最も近い方面軍司令部でしょうか。 それとも指揮範囲にいる方面軍司令部のなかで、仮に最初に活性化する方面軍司令部を決め、それを基準 にして最も近い方面軍司令部を指しているのでしょうか。 或いは、普通に ジューコフとヴァシレフスキーの指揮範囲にいる ものであれば自由に選べる、と解釈してよろしいのでしょうか？

この質問はデザイナーの Herve BORG 氏に転送し、返答を得ることができました。その際、言葉だけでは 質問の趣旨を説明することが難しかったため、私の方で具体例を提示しました。ここではそれを用いることにします。

上図のような （かなり極端な）状況下でジューコフの司令部を活性化させて、その指揮範囲内に存在する方面軍司令部 A〜E のいずれか２つを活性化させることにしました。

ここで、ルール第８章に書かれている
『近隣の２個方面軍司令部を連携させることができる』
という言葉が問題になります。
“近隣” の司令部 とは、どういう意味なのでしょうか？

和訳ルールで使用している “近隣の” という言葉は、原文ルールの "voisins" という形容詞 の訳ですが、 「近隣」 よりも 「隣接」 の方が自然な訳であることは、私自身も翻訳時に認識していました。しかし、ジューコフとヴァシレフスキーのユニットには指揮範囲の数値が記入されていること、そして何よりも、本当に 「隣接」 の意味を込めたいのなら、普通は "adjacent (英語も同じスペルです) " という形容詞を用いることを鑑み、少々ぼやけた表現ですが “近隣” としたのです。 結果的にこれが仇となり、解釈が難しくなってしまいました。申し訳ありません。
（ ConsinWorld で公開されている英訳ルールでは "neighboring" という語が使われており、どちらも 「近隣の」 あるいは 「隣接の」 の意 ）

この質問者は３通りの解釈が成り立つと言います。すなわち、

１ ： ジューコフから最短距離にある A と、B または D のどちらか１つ。
２ ： 仮に D を活性化させると、もう１つは D から最も近い E となる。
３ ： A 〜 E のうち、どれでも２つを自由に選択できる。

どれが正しいのでしょう？

BORG氏からの回答は、 『 3 』 だそうです。

さらに、“近隣の司令部” というルール上の表現を、 “指揮範囲内の司令部” に改める、とも述べています。

BORG 氏は この質問を読んだときに戸惑いを見せていたのですが、最終的には こちらの意図を汲み取り、 “指揮範囲内の司令部” へと表現を改めてくれたのでした （多分）。
この表現変更によってゲーム展開にどの程度の差が生じるかは未確認なのですが、それほど大きな影響は無いと思います。それよりも、ルールがちょっとだけシンプルになったことが益かもしれません。